飼料的交叉污染在飼料加工，轉運和儲存等過程中均可能發生。除塵系統、混合機、制粒機、螺旋輸送機、斗式提升機、除塵器、配料倉等都可能包含粉塵和物料殘留，從而對下一批次的飼料生產造成污染。

二、如何預防飼料生產中交叉污染

1、優化設備工藝組合

吸風除塵系統盡可能設置獨立風網，采用專業飼料生產線生產特定類別的動物飼料，獨立設置反芻動物飼料生產線。盡量縮短輸送距離，減少物料分級和交叉污染。設置專門存放沖洗料、回機料的料倉，使物料回收利用機械化、自動化。

為了“防交叉污染”需要對飼料生產進行正確排序。一般排序時，參照“無藥物在前、有藥物在后”的原則，方案如下：無藥飼料→低藥物含量飼料→高藥物含量飼料→沖（清）洗。排序法應該應用到整個加工系統。良好的生產排序可以最大化降低藥物殘留，減少交叉污染風險。

將飼料加工過程中交叉污染風險降至最低的簡單方法，就是對飼料加工設備定期進行沖洗。“沖洗”就是使用一定數量的一種原料，如玉米粉、豆粕或麥麩等，帶走先前加工藥物飼料或動物源性飼料時設備上的殘留。若未能事先驗證，推薦使用量為混合機額定混合量的80%～100%。“沖洗”應從待粉碎倉開始，貫穿整個生產流程，并定期檢查加工設備來確認沖洗程序是否有效。用過的沖刷料要貼上明確標識并分類儲存，以備再次利用。